本發明涉及一種甲砜基嘧啶類穩定同位素標記試劑的設計、合成方法及其在蛋白質比較分析中的應用。本發明所述的同位素標記試劑化學名為[d6]-4,6-二甲氧基-2-甲砜基嘧啶。該試劑應用于半胱氨酸、含半胱氨酸的多肽以及蛋白質的定性和相對定量分析,此方法包括下列步驟:a)目標分析物經變性、還原、酶解;b)目標分析物與前述輕質或重質的同位素標記試劑反應;c)將標記后的樣品溶液直接進行MALDI-TOF MS分析。
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