本發明公開了一種利用計算機模擬蛋白質相互作用的方法。該方法利用NAMD_2.6_LINUX-I686計算軟件和VMD-1.8.5分析軟件在PC機上進行分子動力學模擬,首先將PDB數據庫的蛋白質結構制成適當的研究體系,然后對該體系進行能量最小化處理,將體系加熱到設定溫度后,再對體系進行多步平衡處理,接著對體系實施分子動力學模擬,最后研究蛋白質在設定條件下所有原子的運動軌跡、構象變化和變化過程中起關鍵作用的氨基酸殘基。該方法不需借助于大型計算機和高性能計算中心,設備要求低,CPU利用率高,所用機時短并且結果準確可靠,便于在與分子識別和蛋白質動力學行為相關的生命科學和物理化學以及醫藥領域廣泛應用。
聲明:
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